目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在20-37℃时，最利于菌的生长和繁殖，一旦土壤温度超过37℃，菌的生长会明显变缓甚至停滞，菌肥效果也将受到影响。但生长停滞不代表菌的死亡，当温度正常恢复且土壤湿度在50%左右时，菌将恢复生长及繁殖功能。
此外，强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。如果土壤积水时间过长，会影响菌肥效果，必须及时排干积水。此外，过多的积水会让菌悬浮到水中一部分，被冲掉，从而影响菌肥效果。
1、下面列举几点注意事项：
注意1：氮、磷、钾总含量超过8%时与菌混合，会抑制菌的活性。菌与化肥混合时，一定要注意肥料中的氮、磷、钾总养分不要超过8%，一旦超过会抑制菌的活性，如果氮、磷、钾总养分大于8%，建议随用随混。
注意2：不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
注意3：对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到、第二、第三年分别取代30%、40%和60%。
注意4：在施用方法上，建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀死细菌。
注意5：温度过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议施用微生物菌肥。
2、如何避免买到假肥？
1.首先要选择正规厂家的产品。
正规厂家相对会靠谱很多，尽量选择在正规厂家购买。
2.看标注是否全面
一般包装袋上应包括肥料名称、商标、规格等级、净含量、养分含量、生产商地址、电话和批号、肥料登记证号、执行标准。
