微生物肥料是指从土壤和植物根际分离得到的有效菌，经筛选、分离、甚至基因重组，进行菌种的优化组合，经发酵培养与有机物混合而制备的微生物制剂。在我国，微生物肥料已有50余年的历史，经历了从根瘤菌剂—细菌肥料—微生物肥料的发展演变过程。目前，微生物肥料主要分为微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥三类；在当前土壤严重污染的形势下，微生物菌剂以其巨大的益生菌数量、长达五年以上活性的超强生命力，光合菌群、酵母菌群、乳酸菌群、发酵系的丝状菌群、格兰氏阳性放线菌群等“厌氧菌”“好氧菌”协同一体深度作用、效果综合全面迅速显著等优异性能在农业生产中受到农民欢迎。
土壤污染主要可以分为无机污染物和有机污染物。
无机污染物主要包括酸、碱、重金属、盐类等。主要表现在常年大量使用化学肥料，导致土壤中酸碱失衡，土壤酸化、盐渍化问题，以及土壤板结，重金属残留问题严重。
有机污染物主要包括有机农药、酚类、氰化物、石油、合成洗涤剂等物质残留在土壤中，致使土壤性状遭到破坏，土壤生态系统失衡，污染物通过植物吸收，生产的农产品遭受污染，危害人类健康。
微生物菌剂肥料修复土壤的基本原理是，在适当的水分、温度等条件下，微生物益生菌群在土壤中形成优势菌群，促进土壤生态系统中碳、氮、氧等元素的良性循环，从而修复土壤生态环境系统，使生态系统达到新的稳定的平衡，进而消除土壤病害和土传病害，恢复地力，沃土壮根，提高作物抗性，促进农业可持续发展。概括来讲，其具体作用原理如下：
其一，微生物菌剂对无机污染物的修复机理是微生物肥料进入土壤生态系统后，好氧菌、厌氧菌等微生物益生菌群，通过自身的生物反应，降低土壤的酸度，提高土壤的ｐＨ值，从而降低土壤中有害重金属的毒害；同时，通过微生物益生菌的繁殖与代谢活动可以将重金属固定，促使土壤中活性重金属变为有机结合态，形成过滤层和隔离层，降低作物对土壤中重金属的吸收，从而避免了土壤中重金属等有害物质或其分解产物通过“土壤→植物→人体”或通过“土壤→水→人体”间接被人体吸收，损害身体健康。
其二，微生物菌剂肥料在对土壤中农药等有机污染物修复方面的作用是降低病虫害的防治次数，降低农药的使用量，从而减少农药在作物中的残留量。一方面，微生物益生菌能改变土壤耕作层微生物区系，在作物根系周围形成优势菌落，从而强烈抑制病原菌繁殖，降低病虫害发生次数；另一方面，微生物在其生命活动过程中产生多种物质，如激素类、腐植酸类以及抗生素类，这些物质能刺激作物生长健壮，增强作物自身抗病害能力。
其三，通过微生物菌剂中巨大量的益生菌的繁殖和代谢活动可有效分解土壤中各种矿物营养，提高土壤有机质含量，促进土壤团粒结构生成，活化土壤，增强土壤保肥保水能力，促进作物根系发达，提高抗性，并可充分活化土壤磷钾，优化碳氮比率，增进有机无机肥效，显著恢复地力，促进作物增产，提升品质，提高效益。
